上世纪80年代，学校在教务处设置教育研究室（后更名为高教研究室），是学校教务处进行教育改革的研究科室。2005年1月，学校成立高等教育研究中心。目前，山东农业大学高等教育研究中心工作人员4名。 
    山东农业大学高等教育研究中心已开展的工作主要有：研究高等教育的理论问题；研究国家和山东省的高等教育政策以及国内外高等教育改革和发展的动向与政策；负责学校与国家和山东省高等教育学会的联系；负责《山东农业教育》（原名《高等农业教育研究》）的编辑出版。
    “十五”、“十一五”和“十二五”期间，山东农业大学高等教育中心完成省、部级教育主管部门及高等教育学会研究课题10余项。